Органним мистецтвом Валерія Балаховська захопилася в музичній школі, де юна піаністка відвідувала факультатив народного артиста України В.Кошуби. Національну музичну академію України ім. П.Чайковського вона закінчила з відзнакою за фахом фортепіано (клас професора І.Павлової) та органа (клас професора Г.Булибенко). З 1992 року Валерія Балаховська - солістка Національного будинку органної та камерної музики України.
Техніку органного виконавства Валерія Балаховська удосконалювала у відомих зарубіжних музикантів: професора Вищої музичної школи Е. фон Камеке (Німеччина), в якого прослухала повний курс виконавської майстерності«Академія старовинної музики», професорів Ф.Клінди (Словаччина), Б.Біллетера (Швейцарія), Й.Труммера(Австрія).
Завдяки філігранному володінню мистецтвом барокової артикуляції, яскравій емоційності та бездоганній техніці навіть добре відомі твори в інтерпретації органістки набувають оригінального звучання. До свого репертуару вона включає як взірці світової класики, так і маловідомі твори, доробки сучасних композиторів; виступає в ансамблях з І.Борком,В.Степовою, В.Чікіровим, І.Іщаком, Квартетом ім. М.Лисенка, з Ансамблем класичної музики ім. Б.Лятошинського, Національним ансамблем «Київська камерата», дитячими колективами.
Помітною подією в культурному житті Києва стало виконання В.Балаховською з Національним симфонічним оркестром України Симфонії №9 А.Брукнера.
Валерія Балаховська багато гастролює в Україні та за її межами (Австрія, Німеччина, Польща, країни Балтії, Росія, Білорусь, Молдова, Узбекистан), бере участь у міжнародних фестивалях органної музики, в музичних програмах радіо й телебачення. У Росії на Міжнародному конкурсі органістів ім. О.Янченка артистку нагороджено спеціальною відзнакою за краще виконання твору М.Регера.