Коллекцию древностей Богдан и Варвара Ханенко начали собирать в конце девятнадцатого века, скупая на аукционах, у частных коллекционеров и в антикварных лавках Италии, Египта и Греции вазы, статуэтки и скульптуры. После национализации музея собрание древностей значительно поредело: коллекция была распределена между различными учреждениями. Значительная часть экспонатов была вывезена в Германию во время оккупации Киева в 1941-м. Восполнить утраты, однако, удалось в 50-х годах усилиями одной из сотрудниц музея Фанни Штительман. Нынешняя экспозиция посвящена именно столетию со дня ее рождения и представляет порядка 60 произведений искусства Древней Греции, Рима и Этрурии.